Po Pirmojo pasaulinio karo Lietuvoje vietinės gyvulių veislės pradėtos masiškai gerinti kryžminant jas su įvežtinėmis veislėmis. Susirūpinus vietinio genofondo išsaugojimu, 1921 m. Žemės ūkio ministerijos sudaryta komisija pasiūlė formuoti vietinių gyvulių bandas ir veisti jas grynuoju veisimu. Ši idėja tuo metu įgyvendinta tik įkūrus žemaitukų žirgyną, kuris buvo prarastas per Antrąjį pasaulinį karą.
Ilgainiui dalis senųjų Lietuvos gyvulių ir paukščių veislių išnyko, o žemaitukų arkliai, Lietuvos vietinės kiaulės, šėmi ir baltnugariai galvijai, vietinės šiurkščiavilnės avys bei vištinės žąsys atsidūrė ties išnykimo riba.
Atkūrus Lietuvos nepriklausomybę pradėta kurti šių veislių išsaugojimo sistema. 1991 m. prof. J. S. Šveistys, V. Razmaitė ir A. Svitojus publikacijoje „Vietinės gyvulių veislės – didelis turtas“ iškėlė senųjų Lietuvos veislių išsaugojimo būtinybę. Prof. J. S. Šveistys šią idėją buvo brandinęs dar nuo šeštojo dešimtmečio, o jos praktinio įgyvendinimo iniciatyvos ėmėsi kartu su A. Svitojumi. 1994 m. idėją palaikė Vilniaus universiteto profesoriai V. Rančelis, R. Lekevičius ir Lietuvos veterinarijos akademijos profesorius J. Kuosa.
1992 m. birželio 11 d. Rio de Žaneire Lietuva pasirašė Jungtinių Tautų Biologinės įvairovės konvenciją, kurią Seimas ratifikavo 1995 m. liepos 3 d. Taip Lietuva įsipareigojo saugoti savo biologinę įvairovę ir genetinius išteklius. 1994 m. priimtame Lietuvos Respublikos gyvulių veislininkystės įstatyme vienu iš pagrindinių veislininkystės uždavinių taip pat įvardytas Lietuvos gyvulių veislių ir jų genofondo saugojimas bei gerinimas.
1993–1996 m. prasidėjo praktiniai senųjų veislių išsaugojimo darbai – buvo organizuojamos ekspedicijos į nuošalias Lietuvos vietoves ieškant išlikusių vietinių gyvulių. Iš gyventojų surinkti ir supirkti Lietuvos vietinių kiaulių paršeliai, iš Vilniaus žirgyno ir pavienių augintojų – žemaitukų veislės arkliai. Gyvulininkystės institute buvo suformuotos Lietuvos vietinių kiaulių, žemaitukų arklių, vietinių šiurkščiavilnių avių, šėmų ir baltnugarių galvijų bandos. Vištinių žąsų Lietuvoje tuo metu jau nebebuvo likę – jų genetinė medžiaga išliko tik užsienio šalių paukščių kolekcijose. Įsigijus ir parsivežus šių paukščių kiaušinių, Gyvulininkystės institute pavyko atkurti vištinių žąsų pulką.
Prie šėmų ir baltnugarių galvijų išsaugojimo reikšmingai prisidėjo prof. J. Kuosa. Jo iniciatyva Lietuvos veterinarijos akademijos Praktinio mokymo ir bandymų centre buvo suformuotos šių galvijų bandos, atrinkti buliukai veislininkystės įmonėms, o ekspedicijų metu atrinkus tipinius gyvulius pradėtas vesti atskiras šėmų ir baltnugarių galvijų registras.
1995 m. Vidurio ir Rytų Europos šalių FAO misijos konferencijoje žemaitukų arkliai, šėmi ir baltnugariai galvijai, Lietuvos vietinės kiaulės, vietinės šiurkščiavilnės avys bei vištinės žąsys buvo pripažinti saugotinais tarptautiniu mastu ir įtraukti į FAO Pasaulio žemės ūkio gyvūnų įvairovės duomenų banką.
Tų pačių metų gruodžio 21 d. žemės ūkio ministro įsakymu buvo sudaryta Žemės ūkio gyvūnų genetinių išteklių saugojimo koordinavimo taryba ir paskirtas Lietuvos nacionalinis koordinatorius ryšiams su Jungtinių Tautų Maisto ir žemės ūkio organizacija (FAO). 1996 m. parengta Lietuvos žemės ūkio gyvūnų veislių išsaugojimo programa – taip pavienės iniciatyvos ir praktiniai veislių gelbėjimo darbai palaipsniui tapo koordinuota nacionaline veikla.
2000 m. į Pasaulio žemės ūkio gyvūnų įvairovės duomenų banką ir katalogą papildomai įtrauktos ir XX a. Lietuvoje sukurtos veislės: stambieji žemaitukai, Lietuvos sunkieji arkliai, senojo genotipo Lietuvos juodmargiai ir Lietuvos žalieji galvijai, senojo genotipo Lietuvos baltosios kiaulės bei Lietuvos juodgalvės avys.
Siekiant ne tik išsaugoti veisles, bet ir sudaryti sąlygas jų augintojams jas laikyti bei veisti, nuo 2004 m. Lietuvos kaimo plėtros programoje pradėtos mokėti agrarinės aplinkosaugos išmokos už dalyvavimą nykstančių Lietuvos senųjų veislių gyvulių ir naminių paukščių išsaugojimo programoje.
2007 m. Lietuva kartu su kitomis 168 valstybėmis pasirašė Interlakeno deklaraciją, kuria šalys įsipareigojo stiprinti gyvūnų genetinių išteklių išsaugojimą ir užtikrinti ilgalaikę paramą nacionalinėms bei tarptautinėms jų saugojimo programoms. Tais pačiais metais priimtas Tautinio paveldo produktų įstatymas sudarė teisinį pagrindą nacionalines senąsias gyvūnų veisles pripažinti tradicinėmis ir saugoti kaip Lietuvos tautinio paveldo dalį.
Sukaupta patirtis, suformuotos saugomų veislių bandos ir nacionalinė genetinių išteklių išsaugojimo sistema sudarė prielaidas tolesniam šios veiklos stiprinimui. 2008 m. buvo patvirtinta atnaujinta Lietuvos ūkinių gyvūnų genetinių išteklių išsaugojimo programa. Jos tikslas – kintančiomis aplinkos sąlygomis užtikrinti ūkinių gyvūnų genetinių išteklių kaupimą, tyrimą, racionalų ir tausų naudojimą, apsaugoti juos nuo nykimo bei užtikrinti populiacijų tvarumą.
Tais pačiais metais žengtas dar vienas svarbus žingsnis – 2008 m. pabaigoje įkurtas Lietuvos ūkinių gyvūnų genetinių išteklių apsaugos koordinavimo centras, tapęs Lietuvos veterinarijos akademijos Gyvulininkystės instituto padaliniu. Centrui patikėta koordinuoti nacionalinių ūkinių gyvūnų genetinių išteklių išsaugojimą, jų tyrimus, stebėseną ir tausų naudojimą bei tęsti kelis dešimtmečius Lietuvoje formuotą senųjų ir nykstančių veislių išsaugojimo darbą.
