Lietuvos juodgalvės avys išvestos 1926-1958 m., mišrinant Lietuvos vietines šiurkščiavilnes avis su vilniniais Anglijos šropšyrais ir mėsiniais Vokietijos juodgalviais avinais. Intensyviausias veislės kūrimo darbas buvo vykdomas Pasvalio, Telšių ir Radviliškio zonose. Lietuvos juodgalvės paplitusios visoje Lietuvoje, įvežtos į Latviją, Baltarusiją, Vokietiją ir kt. Visoje populiacijoje – apie 17 000 avių. Nors avių yra nemažai, tačiau 2001-2004 m. įvežus į Lietuvą produktyvesnių veislių avių, planuojama jomis gerinti Lietuvos juodgalves, sunaikinant pastarųjų autentiškumą.